El defensor nacido en Puerto Tejada, Cauca, debutó en Atlético Nacional en 2018, equipo que lo formó y lo proyecto al fútbol profesional. Su primera etapa como jugador 'Verdolaga' fue por dos años, donde jugó 20 partidos y marcó un gol.
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Luego de sus buenas actuaciones con la camiseta de Atlético Nacional, Reyes fue convocado a la Selección Colombia Sub-20, donde se consagró campeón de los Juegos Centroamericanos y del Caribe 2018 disputados en Barranquilla.
Además disputó el campeonato sudamericano 2019 de la categoría en Chile, donde la Selección Colombia obtuvo su clasificación al Mundial Sub-20 de Polonia 2019, donde logró avanzar a cuartos de final y marcó un gol.
Posteriormente fue a préstamo al nuevo equipo de la MLS, Inter de Miami, equipo del exfutbolista inglés David Beckham. Reyes llegó como una gran apuesta por su juventud, pero una fuerte lesión lo alejó varios meses de las canchas.
Ahora, Andrés Felipe Reyes será nuevo jugador de New York Red Bull de la primera división del fútbol de Estados Unidos. El equipo de la 'Gran Manzana' adquirió el 80% de sus derechos deportivos y el 20% continúa siendo de Atlético Nacional pensando en futuras transferencias.