Aunque Miguel Ángel Borja está a travesando por un buen momento goleador con el Junior de Barranquilla, hay un par de situaciones que tiene el delantero cordobés pendientes y que complican su futuro. Una de ellas tiene que ver con una deuda que tiene Atlético Nacional con él.
Fue en febrero de 2017 cuando se oficializó el traspaso de Miguel Ángel Borja de Atlético Nacional a Palmeiras. Tras su explosión goleadora en Colombia y la Copa Libertadores, el equipo brasileño decidió que él podía ser el reemplazo perfecto para suplir la ausencia de Gabriel Jesus. El atacante había sido vendido al Manchester City.
De ese negocio, se conoció que un porcentaje del último pago por su venta sería para él. De los últimos 3 millones de dólares que pagó Palmeiras a Atlético Nacional, una parte le corresponde a Borja y a Cortuluá, equipo en el que jugó antes de llegar al Verdolaga. Ese dinero, al parecer, nunca se lo pagaron. Miguel Ángel demandó ante la FCF a la institución antioqueño.
También se supo que Atlético Nacional intentó mediar y ya le ofreció un valor a Borja, pero el jugador la rechazó. Según se supo, se le ofreció un 8% correspondiente a $240 mil dólares y el Miguel Ángelno quiso aceptar. Por eso, la disputa quedó en manos de la Federación Colombiana de Fútbol.