Punto final, se acabó. La travesía de Junior de Barranquilla en la Copa Sudamericana duró hasta los cuartos de final. Tras quedar eliminado en la Copa Libertadores, la posibilidad de brillar en la ‘Otra mitad de la gloria’ también se esfumó. Aunque el Tiburón ganó 0-1 en Chile, el global quedó 2-2 dándole la clasificación a Coquimbo por el gol de visitante.
Luego de perder 1-2 en Barranquilla, Junior viajó a Chile con la obligación de marcar dos o más goles en condición de visitante. Por supuesto, tenía que evitar que Coquimbo siguiera engordando su cuenta de goles. Al final, el cuadro Rojiblanco solo pudo ganar por 0-1 en el sur del continente. Las cuentas no alcanzaron y el equipo de Amaranto Perea quedó eliminado.
El único tanto del partido lo firmó Miguel Ángel Borja desde el punto penal. La falta se otorgó a favor de Junior luego de que el VAR interviniera al juez al minuto 5 de partido. Cinco minutos después, volvió el VAR a la acción y creó la polémica por una posible mano de un jugador de Coquimbo dentro del área.
Con este resultado, Junior le puso final a la temporada en 2020. Eliminado en semifinales de la Liga BetPlay 2020 y eliminado de la Copa Sudamericana en cuartos de final. El único certamen en el queda con vida es la Copa BetPlay donde ya está en cuartos de final, pero el torneo se reanuda en el año 2021 por decisión de la Dimayor.