Debutó por el primer equipo de Colo Colo el año 1998 con tan solo 18 años y todos presumían por aquel entonces, que estábamos en presencia del lateral izquierdo del futuro y que iba a ser prenda de garantía en esa zona en los años venideros.
Lamentablemente para sus pretensiones, nunca pudo adueñarse por completo de la franja zurda e incluso el año 2001 fue enviado a préstamo a Santiago Wanderers , donde sí tuvo un renacer donde fue pieza clave en el histórico título del cuadro porteño.
Pero no fue así y si bien al año siguiente volvió al cacique, el puesto terminó siendo de Rodolfo Madrid. No obstante, ese 2002 Zuñiga sería recordado por unos dichos que hasta el día de hoy se traen a la memoria. El jugador ninguneó de la peor manera a Universidad de Chile señalando que los estudiantiles eran “una raza que no existía”, para agregar que “jamas me pondría la camiseta de la ‘U’, me llega a dar alergia”, a lo que Johnny Herrera también reaccionó con un “de da pena por él. Pero no sorprende, ya que todos sabemos queAlonso es medio tontito en las cosas que hablay no vale la pena darle mayor pelota a los cabezas de pescado”.
Sin embargo, el fútbol y la vida de vueltas y el año 2006, terminó convirtiéndose en refuerzo para la U en esa temporada. Por si fuera poco, en aquel año al ser presentado, el futbolista dijo “estoy contento, feliz y orgulloso de llegar acá, y es como volver a nacer”, donde además años después confesó que habló con Los de Abajo y reconoció el error.
Todo esto en medio de la opción que Matías Zaldivia llegue a Universidad de Chile siendo que en las últimas siete temporadas defendió la camiseta de Colo Colo. Algo que veremos cómo decanta.
