Marcos Mondaini nació en Saenz Peña, Chaco. Hizo las Inferiores en Boca y para la temporada 2004-05 debutó en la Primera del Xeneize, aunque no encontró la regularidad que buscaba y salió a préstamo a Emelec para el 2006. Un año más tarde regresó a Boca y de la mano de Miguel Ángel Russo ganó la Copa Libertadores de 2007. Sin dudas ese fue el título más importante de su carrera, aunque en esta etapa en el club de la Ribera no logró establecerse y nuevamente salió.
Para 2008, Mondaini llegó a Barcelona de Guayaquil, un año más tarde estuvo en Nacional de Montevideo hasta que a mediados de 2009 regresó a Boca para tener su último paso por el club que lo vio nacer. En 2010 vistió la camiseta de Atlético Nacional de Medellín y en el 2011 la de Chivas de Guadalajara hasta que en 2012 encontró su lugar en el mundo: Emelec.
Ídolo en Ecuador
Entre 2012 y 2019, Marcos Mondaini jugó para el gigante ecuatoriano y se convirtió en ídolo absoluto del club. En su paso por la institución obtuvo la Serie A de Ecuador en cuatro oportunidades y dejó una huella imborrable. A tal punto que hasta los días que corren sigue viviendo en dicho país. Tras su salida del equipo eléctrico, el ex Boca tuvo breves pasos por Guayaquil City y Rocafuerte hasta que en 2020 dejó la actividad profesional.
Director Deportivo, trabajo en radio y una academia de fútbol
Una vez que colgó los botines, Marcos Mondaini siguió vinculado al fútbol en distintos ámbitos. Entre 2021 y 2022 fue Director Deportivo de Emelec. Actualmente, el foco de Marcos Mondaini está en dos proyectos sumamente interesantes: tiene su propia academia de fútbol, la cual lleva su nombre y está apuntada a los más chicos. Inclusive, hace poco, el propio Juan Román Riquelme -a quien conoce de su paso por Boca- le envió un saludo.
Además de eso, tiene un programa de radio en el que habla de fútbol, la emisora es la FM Redonda y su programa se llama Harta Pelota. Con ese medio, Mondaini dijo presente en la última Copa América, en la que siguió la actuación de la Selección de Ecuador.