Tras ganar por 2 a 1 el partido de ida, en un partido con un final no apto para cardíacos, Málaga empató 2 a 2 en la revancha ante el Nàstic de Tarragona con un gol en el minuto 121, por la final de la Primera RFEF, por lo que de esta manera logró el ascenso a la Segunda División de España.
Luego de una mala campaña en la temporada 2022/23, el equipo malagueño, que no juega en primera desde 2018 descendió de la Segunda a Tercera División, y rápidamente pudo lograr la vuelta a la LaLiga Hypermotion tras vencer al Nástic con un resultado global de 4 a 3.
Este encuentro, que se disputó en el Nou Estadi Costa Daurada, comenzó con el equipo local arriba en el marcador, igualando así la serie en los 90 minutos reglamentarios, por lo que la definición se estiró al tiempo suplementario. Allí, Nástic aumentó la diferencia, pero en el minuto 108 Málaga descontó a través de Dioni, y en la última jugada, Antoñito Cordero, jugador de 17 años, marcó el gol del ascenso, desatando la locura de todo el público malagueño.
Previo a sufrir una importante crisis tanto deportiva como institucional que tuvo como consecuencia el descenso en 2018, el elenco malagueño tuvo participaciones importantes en competencias europeas, a tal punto de que logró su primer y único título internacional al obtener la Copa Intertoto en 2002.
La Copa Intertoto 2002, el único título internacional del club
Luego de finalizar en el décimo puesto en la temporada 2001/02, Málaga logró la clasificación para jugar la Copa Intertoto en el verano del 2002. Para obtener este certamen, tuvo que eliminar en los play off al Gent de Bélgica (4 a 1 en el global), y al Willem II de los Países Bajos (3 a 1 en el global).
Ya en la final, le tocó enfrentarse ante un viejo conocido, como lo es el Villarreal de España, en una serie de ida y vuelta. En el primer encuentro, ganó por 1 a 0 en condición de visitante, por lo que tuvo que defender el resultado en su estadio, y lo hizo de buena manera, debido a que empataron 1 a 1, por lo que se ganó la serie con un global de 2 a 1.
Gracias a esta consagración, clasificó a la Copa de la UEFA 2002, en donde también realizó una gran campaña, llegando a los cuartos de final tras eliminar a equipos importantes, como el Leeds de Inglaterra y el AEK de Atenas. En esta instancia, fue derrotado por penales por el Boavista de Portugal.
El equipo de Manuel Pellegrini y la clasificación a la Champions
El entrenador chileno llegó al Málaga en noviembre del 2010 y permaneció en el club hasta el fin de la temporada 2012/13. Durante su estadía, logró armar un equipo que se llegó a jugar por primera vez en su historia la UEFA Champions League tras quedar en el 4to puesto en LaLiga.
Para clasificar a la fase de grupos del certamen continental, tuvo que jugar una fase previa contra el Panathinaikos de Grecia, y la pasó de gran manera, tras ganar 2 a 0 como local el partido de ida y empatar 0 a 0 la revancha en condición de visitante.
Ya dentro de los 32 clasificados, quedó puntero e invicto del Grupo C con 12 puntos en 6 presentaciones, producto de 3 victorias y tres empates superando a un histórico como el Milan, que quedó relegado al segundo lugar, por lo que logró el boleto a los octavos de final, donde le tocó enfrentarse al Porto.
Contra el equipo portugués, logró una gran remontada, ya que en el partido de ida, perdió 1 a 0 en su visita a Portugal, y en La Rosaleda, pudo ganar 2 a 0, por lo que se quedó con el global 2 a 1, y pasó a los cuartos de final, donde le tocó jugar frente al Borussia Dortmund de Alemania.
Frente al elenco alemán, empató 0 a 0 en la ida jugando en condición de local, y viajó a Alemania en búsqueda de la clasificación a las semifinales, pero tras un final polémico, perdió 3 a 2, por lo que quedó eliminado.
La sanción de la UEFA
En la temporada 2012/13, Málaga finalizó en el 6to lugar en LaLiga, por lo que logró clasificar a la UEFA Europa League, pero el 11 de junio de 2013, el Tribunal de Arbitraje Deportivo Internacional rechazó la apelación del club, confirmando la sanción impuesta por la UEFA, en una decisión que suponía un fallo sin precedentes en el ámbito jurídico-deportivo del mundo del fútbol, por lo que el equipo español no pudo disputar la competición europea a la que legítimamente se había clasificado.
Las últimas temporadas en Primera y el descenso a Segunda
Debido a que no podía mantener la ambición y el nivel de las temporadas anteriores, Manuel Pellegrini decidió dar un paso al costado en 2013, y desde allí el Málaga comenzó a bajar su rendimiento en el campo de juego, que se vio reflejado en la tabla de posiciones, ya que cada vez quedaba más abajo.
En la temporada 2017/18, se consumó el descenso tras una pésima campaña en la que finalizó en el último puesto, sumando solamente 20 puntos en sus 38 presentaciones, producto de cinco victorias, cinco empates y 28 derrotas, marcando solamente 24 goles y recibiendo 61.
La casi vuelta a Primera y el descenso a Tercera
En su primera temporada en la Segunda División, Málaga quedó en el tercer lugar en la tabla de posiciones, por lo que jugó los playoff por el tercer ascenso, donde quedó eliminado a manos del Deportivo La Coruña en semifinales, por lo que quedó condenado a jugar por lo menos una temporada más en el ascenso.
El descenso a Tercera llegó en la temporada 2022/23, en la que el equipo malagueño hizo otra campaña desastrosa, debido a que finalizó en el puesto 20 de 22, con 44 puntos en 42 presentaciones, producto de cosechar 10 victorias, 14 empates y 18 derrotas, que consumaron el descenso fechas antes del fin del torneo.
Los sudamericanos que pasaron por Málaga
En las grandes campañas de Málaga en el plano local e internacional, varios futbolistas sudamericanos se destacaron. Entre ellos, aparecen los argentinos Willy Caballero, Martín Demichelis y Javier Saviola, quienes se convirtieron en piezas importantes durante su estadía en el club.
Además, otros de los sudamericanos que tuvieron buenos pasos por el club son los brasileños Julio Baptista y Weligton, el venezolano Salomón Rondón, los chilenos Manuel Iturra y Pedro Morales, y también el experimentado delantero paraguayo, Roque Santa Cruz.
