El nacido en Medellín, se ha convertido, por sus goles, jugadas, pasión y amor a la camiseta en uno de los referentes Verdolagas más recordados por la hinchada en los últimos tiempos. En su segunda etapa quiere seguir haciendo historia con el equipo Verde.
El debut de La Fiera Duque con la camiseta de Atlético Nacional fue el 12 de agosto de 2012 frente a Boyacá Chico pero tuvo que esperar 13 días para encontrarse con la red por primera vez. El primer gol como jugador Verdolaga fue el 25 de agosto de 2012 frente a Deportes Tolima, en el estadio Manuel Murillo Toro de la ciudad de Ibagué.
Su primera etapa con la camiseta Verde fue por cuatro años, en las que marcó 34 goles, siete de ellos en partidos importantes y logró conseguir ocho títulos. Jefferson Duque ha sido el goleador de Atlético Nacional en las finales, en la Superliga de 2012 le marcó una tripleta a Junior de Barranquilla, en los títulos de 2013 frente a Independiente Santa Fe y frente a Deportivo Cali, también marcó en las finales y en el titulo por Copa Colombia frente a Millonarios, también marcó.
La única vez que Duque convirtió en una final pero Atlético Nacional no se consagró campeón fue en la Superliga 2014 que perdió frente a Deportivo Cali. En su segunda etapa, Duque lleva nueve goles convertido y buscar ser una de las claves para que Nacional logre su estrella 17.
