Su debut en Boca se hacía esperar y los hinchas se impacientaban pese al buen momento del equipo dirigido en aquel entonces por Guillermo Barros Schelotto. Sin embargo, en su primer partido, Wilmar Barrios supo que estaba hecho a la medida del club de La Ribera.
El colombiano fue ganándose el cariño de La 12 y un lugar en la cancha. Tras la participación de Rodrigo Bentancur en el mundial juvenil, el volante se quedó con la titularidad en el mediocampo campeón del torneo local. A su vez, llegaron las primeras participaciones en la Copa Libertadores. Y allí comenzó el camino a la idolatría.
Ese sendero se vio trunco en el momento en el que Boca fue emparejado con River en la final de la Copa Libertadores 2018. Allí, Wimar vio la tarjeta roja en el duelo de vuelta, disputado en Madrid a causa de los incidentes causados por los hinchas millonarios y nunca logró reconciliarse con la afición azul y oro.
Ya asentado en Rusia, más precisamente en el Zenit, el volante habló con Federico Bulos en su canal de Youtube y reveló detalles de su salida del club: "Al partido de Madrid llegué marcado por las cosas que se inventaron, y encima tuve la mala suerte de ser expulsado. Si no me hubiesen echado quizás la historia habría sido otra, porque soy consciente de que hasta ese momento el partido estaba parejo. Ninguno de los dos había tenido demasiadas situaciones claras. Para mí pudo haber sido amarilla. Fue una frustración tremenda porque en ningún momento tuve la intención de pisar a Exequiel (Palacios). Por mala suerte me tocó".
También se mostró molesto por las llegadas de Iván Marcone y Jorman Campuzano: "Después de la final me puse a pensar: '¿Y ahora qué será?' Todo lo que venía haciendo se había ido a la nada. Me estaban crucificando. Esos días fueron bastante duros en lo personal, también para la familia. La idea de salir en el verano estaba desde antes de la final. Me preparé igual para quedarme porque no sabía si se iba a dar o no la salida. A la vez pensaba: 'Han traído a Campuzano, han traído a Marcone, seguramente estén pensando en que me vaya'. Si no se daba en ese momento iba a ser a mitad de año. Yo estaba bien, feliz en el club, la gente me quería, porque creo que aún hoy, después de esa final, son más los que me quieren que los que no"
Por último, recordó los rumores que revoloteaban por Brandsen 805 en aquella época e hizo una pequeña recriminación al CT comandado por los mellizos: "Yo siento que de la puerta para adentro sí me respaldaron. Faltó que, como cabeza del grupo, de pronto lo hicieran para afuera, porque ellos sabían realmente lo que estaba pasando. Pero bueno, yo creo que cada quien piensa o maneja las situaciones de manera diferente. Y yo tampoco se los pedí: me mantuve tranquilo, en silencio".
