Luego de más de 20 años de trayectoria, Juan Manuel Martínez sigue vigente. Se lo recuerda por sus exitosos pasos por Vélez y Boca , aunque también supo ser campeón en Independiente de la Sudamericana 2017 y la Suruga 2018, además de haber salido campeón del Mundial de Clubes con Corinthians en 2012. Sobre el tramo final de su carrera jugó para algunos equipos del ascenso argentino, estuvo un tiempo parado y actualmente es el capitán de Club de Lyon, un equipo de Orlando, Florida, que se desempeña en la National Independent Soccer Association, lo que vendría a ser la Tercera División del fútbol estadounidense.
El Burrito no solamente juega en el Club de Lyon, también -ya recibido de entrenador- realiza entrenamientos personalizados tanto para grupos pequeños de chicos como también para adultos. Sin dudas que la decisión de emigrar a Estados Unidos no fue para jugar en la Tercera División, sino más bien para comenzar una nueva vida en ese país, disfrutar de su familia y seguir conectado al fútbol, pero sus retos como futbolista ya pasaron en una carrera más que exitosa.
Los comienzos de su carrera: Vélez, Argentinos, Colombia y Arabia
En la temporada 2003-04, Juan Manuel Martínez debutó en la Primera de Vélez, en la temporada -sin mucha participación- fue campeón del Clausura 2005 y al terminar ese campeonato pasó a préstamo a Argentinos Juniors, para luego volver en 2006 y apenas jugar tres partidos antes de marcharse a Cúcuta Deportivo de Colombia. Con el elenco cafetero, alcanzó las semifinales de la Libertadores 2007 en las que quedó afuera con Boca. A comienzos de 2008 pasó a Al-Shabab de Arabia Saudita y a los seis meses regresó a Vélez.
Vuelta a Vélez y dupla implacable con Silva
Más maduro, con mayor experiencia y muy buenos rendimientos, el Burrito Martínez regresó a Vélez a mediados de 2008 y allí se lució. Fue campeón del Clausura 2009 en la histórica final contra Huracán y también del Clausura 2011, conformando una dupla ofensiva con Santiago Silva digna de destacar. Tan bien le fue en el Fortín que lo vino a buscar Corinthians en 2012, que por entonces era el campeón de la Copa Libertadores.
Corinthians y Boca
El Burrito llegó al conjunto paulista a mediados de 2012 y no encontró la regularidad que quería, apenas marcó dos tantos en 19 partidos jugados, pero se destaca entre sus conquistas el Mundial de Clubes 2012. Para 2013, Boca lo fue a buscar y lo compró. Martínez estuvo dos años y medio en Boca, jugó un total de 78 partidos en el Xeneize, convirtió 12 goles y ganó el Campeonato de 2015, quedó en el recuerdo por ser víctima de una patada de Leonel Vangioni en la ida de la semifinal de la Sudamericana 2014.
Estados Unidos, Vélez e Independiente
Tras salir de Boca a mediados de 2015, el Burrito llegó a Real Salt Lake de Estados Unidos para vivir su primera experiencia en la MLS. Allí estuvo hasta mediados de 2016 cuando decidió volver a Vélez para vivir su tercer ciclo en el club que lo vio nacer. Apenas disputó doce partidos en la temporada y a la siguiente se fue a Independiente, elenco con el que ganó la Copa Sudamericana 2017 y la Suruga Bank de 2018.
El tramo final de su carrera, en el ascenso
Luego de un paso discreto por Independiente -14 partidos y 1 gol- el Burrito decidió jugar en el ascenso argentino. En la segunda mitad de 2018 lo hizo para Agropecuario, en 2019 pasó a Almagro y tras tres años en el club, a comienzos de 2022 arribó a Almirante Brown. Una vez que dejó la Fragata estuvo un tiempo parado hasta que en 2024 llegó a Club de Lyon de Estados Unidos, donde actualmente es capitán.