Sebastián Villa llegó a Boca a mediados del 2018 para ser un refuerzo del equipo que por aquel entonces era dirigido por Guillermo Barros Schelotto. A pesar de las expectativas que habían por él por sus primeros partidos debido a la velocidad y agilidad que mostraba en cancha, su rendimiento no era el mejor.

Poco a poco, Villa fue mejorando y volviéndose una pieza importante del Xeneize, quien luego tuvo como DT a Gustavo Alfaro y a Miguel Ángel Russo, y con ambos teniéndolo como jugador importante en sus esquemas, sobre todo Russo, con quien se vio su mejor versión con la camiseta azul y oro en los primeros meses del 2020.

Tras eso, la relación entre Boca y Villa se volvió un ida y vuelta de polémicas y situaciones que generaron tensión como la denuncia por violencia de género en su contra o su indisciplina y posterior salida a Colombia sin permiso, por lo que en este 2021, los dirigentes del equipo de la Ribera con Juan Román Riquelme a la cabeza, decidieron que este vínculo llegue a su fin buscándole así un posible nuevo destino.

El Dynamo de Moscú había aparecido como el principal equipo en cuestión para que Boca se desprenda de Villa y, según confirmaron desde Colombia, entre el club ruso y el Xeneize ya cerraron todo, haciendo que el extremo de 25 años sea nuevo jugador del mismo.

"Sebastián Villa tiene nuevos representantes, Pablo Martin Ceijas y Joao Heman, quienes fueron los intermediarios para que el jugador colombiano arreglara su vinculación al Dinamo de Moscú. Tendrá un contrato de cuatro años y la operación se cerró por 12 millones de dólares", escribió en su Twitter Diego Rueda, periodista colombiano. Además, agregó: "Villa deberá presentar los exámenes médicos en Miami (Estados Unidos) y luego se unirá a la pretemporada del club ruso el 12 de enero en Málaga (España). Su nuevo contrato de representación con Pablo Martin Ceijas y Joao Heman fue avalado por la Real Federación Española de Fútbol".

Así el colombiano seguirá su carrera en el fútbol ruso a cambio de 12 millones de dólares, de los cuales a Boca le corresponde poco menos que el 70% de su pase.