En junio de 2016, tras mostrar muy buenos rendimientos en Godoy Cruz de Mendoza, Fernando Zuqui dio el gran salto de su carrera al ser transferido a Boca a cambio de 2,5 millones de dólares. Sin embargo, el mediocampista no logró trascender en el Xeneize y un año más tarde fue transferido a Estudiantes de La Plata.

Precisamente con El Pincha, por la segunda jornada de la Superliga Argentina 2018-2019, tuvo una suerte de revancha personal gracias a la victoria 2-0 que le cortó al club de La Ribera una racha de 617 días como líder del torneo doméstico.

"Estamos contentos con el desgaste que hicimos. Sabíamos que la clave iba a estar en la mitad de la cancha. Trabajamos mucho la pelota parada en los entrenamientos para utilizarla bien en el partido", expresó Zuqui tras el triunfo en diálogo con La Oral Deportiva.

Además, el mediocampista se refirió al encontronazo que tuvo con su excompañero Pablo Pérez: "No pasó nada. Fue una jugada normal del partido. Tengo la mejor relación con él, tiene su temperamento y hay que entenderlo".