La inclusión de Jefferson Farfán fue cuestionada por muchos cuando a pesar de no tener equipo fue titular ante Brasil por la segunda fecha de las Eliminatorias. El delantero no decepcionó y demostró que tiene un físico privilegiado logrando un buen partido y compitiendo de igual a igual ante los rivales.
El objetivo de Jefferson esrecuperarse de su lesión y encontrar equipo para así no llegar con tanto tiempo sin fútbol a las Eliminatorias, pero por el momento sigue en recuperándose. Para Néstor Bonillo es un tema de preocupación: “Farfánestá trabajando en gimnasio personal, muy bien equipado. Pero es imprescindible que vuelva a trabajar en el campo, para eso es necesario que nos dejen trabajar en campo a nosotros. Es imprescindible”.
En la misma entrevista al programa Fútbol Como Cancha, indicó: “Pretende recuperarse por eso insisto que para nosotros es importante trabajar en campo para recuparlo. No podemos hablar donde va a jugar si no tenemos a un jugador recuperado. Cuando Jefferson esté al cien por cientorecuperado, él tomará una opción”.
Debido a las lesión, Jefferson Farfán estuvo ausente ante Chile y Argentina, partidos donde los delanteros fueron Raúl Ruidíaz y Gianluca Lapadula, en sus primeros encuentros con la selección peruana.
Aunque Paolo Guerrero es el máximo anotador de la selección peruana, Jefferson Farfán es el futbolista peruano con más tanto en las Eliminatorias. Su debut fue en la primera fecha rumbo a Alemania 2006 con gol a Paraguay en el triunfo por 4-1 en el Estadio Nacional.