Después de sus pasos por Guadalajara, Querétaro y Lobos BUAP, todo indica que Rafael Puente Del Río será el Director Técnico de Cerro Porteño.

El exdirectivo puede arribar a uno de los dos clubes más grandes de Paraguay, junto a Olimpia, luego de la eliminación en los Cuartos de Final de la Copa Libertadores a manos de River Plate.

El 17 de febrero de 2019, el mexicano de 40 años fue cesado de su cargo tras el pésimo momento que vivían los Gallos Blancos en el Clausura 2019, en el que el equipo era último en la tabla general, sin puntos, tras siete jornadas disputadas.

Durante su etapa con Querétaro logró calificar a la Liguilla al ocupar la octava posición con 26 unidades. Sin embargo, fue eliminado por Cruz Azul en los Octavos de Final y a partir de allí no tuvo más nada que ver con el balompié nacional.