Juan Chiquito Flores tuvo una larga trayectoria en el fútbol peruano. Defendió varias camisetas, pero se identificó con la de Universitario, donde militó por varias temporadas.
En entrevista a El Bocón, el exfutbolista contó que tuvo un encuentró con un exjugador de Alianza Lima: “Cuando recién me iniciaba y estaba en Ciclista Lima, Waldir Sáenz estaba en Alianza y me dijo muerto de hambre”.
“No me gustó y lo busqué en camerinos. Le dije: ‘¿A quién le dices muerto de hambre? ¿Acaso tu naciste siendo millonario? Acá todos somos pobres, venimos de familias humildes’. Me agarraron todos. En la “U” esa palabra no existía”.
El encuentro con el máximo anotador de Alianza Lima se dio años después: “Esperé hasta las 3 de la mañana que vaya al baño, ahí lo agarré a cachetadas. Siempre cuando me ve, se arranca, donde estoy. Se portó malcriado conmigo. Cuando quise hablar con él, me respondió que ‘no me conocía’. Hace poco fui a una inauguración de una marca de zapatillas, y no me dio la mano”.
Debido a sus buenas actuaciones, Juan Flores fue convocado a la selección peruana que por entonces era dirigida por Freddy Ternero y luego por Julio César Uribe.