José Carlos Fernández tuvo un recordado paso por Alianza Lima. El delantero fue parte del último plantel íntimo que logró clasificar a octavos de final de la Copa Libertadores y además el último anotador de un triunfo blanquiazul en el certamen.

José Carlos es hincha de Alianza Lima y tras el descenso, se puso a disposición del club. Hubo contacto, pero nada más, contó el atacante a El Comercio: "Hablé con alguien cercano a Alianza Lima y le dije que si lo veían conveniente llamarme, yo estaba dispuesto a sentarme a conversar y poner el hombro por el club. Luego ya no hubo más contacto".

El 2010, en la clasificación a octavos de final de la Copa Libertadores, su socio en ataque fue Wilmer Aguirre, quien volvió a Alianza Lima. Fernández se mostró feliz por su retorno: "Me alegra porque es una persona que estimo mucho, conseguimos cosas muy lindas e importantes. Las ganas que él tenía de volver la tenemos muchos que hemos tenido tantos bonitos momentos en el club".

Sobre su amistad con Wilmer, agregó: "Nosotros nos juntamos en el 2017 en Melgar, pero no pudimos terminar el año y solo disputamos un partido juntos. Sería lindo volver a ser dupla con él, los dos estamos cerca del retiro, el final está cerca, si se puede dar bienvenido y si no se puede, que quede en la memoria de los hinchas las cosas que hicimos".

José Carlos milita en Carlos A. Mannucci desde la temporada 2019. Su último año jugando por Alianza Lima fue la temporada 2012, anotando 9 goles en 19 partidos.