Luego de cuatro años y dos importantísimos títulos, el conjunto Embajador de la capital despide a Jhon Duque, tras tomar la decisión de continuar su carrera deportiva en el club Atlético San Luis, de la primera división del fútbol mexicano.
Luego de varias idas y vueltas, finalmente el Ingeniero tomó la decisión de dar el salto al fútbol internacional. Motivado por haber logrado dos títulos, uno de Liga frente a Independiente Santa Fe, y otro de Superliga frente a Atlético Nacional, y además de haber culminado satisfactoriamente su carrera universitaria, Duque tomó la decisión de dejar el club Azul.
Este fue el comunicado de Millonarios:
La salida del capitán Jhon Duque ha sido una de las más dolorosas de los últimos años para los hinchas Embajadores, pues por estos tiempos, cada vez se hace más difícil ver un jugador que quiera la camiseta, que entregue todo por ella y que haga respetar el club tal coomo lo hacia el capitán.