Juan Marcos Foyth nació el 12 de enero de 1998 en La Plata y con 11 años se sumó a las inferiores de Estudiantes de La Plata. Empezó despeñándose como mediocampista ofensivo aunque luego lo bajaron a la defensa central, posición que ocupa desde entonces.
En marzo de 2017, ya en el primer equipo del Pincha, debutó en Primera en el triunfo 1-0 contra Patronato. De a poco se afianzó en el equipo, y fue también aquel año en que Claudio Úbeda comenzó a convocarlo para la Selección Sub 20, donde tuvo mucho rodaje en el Sudamericano de Ecuador, obteniendo el cuarto lugar, y en la Copa del Mundo de Corea del Sur.
En agosto de 2017, Foyth dio el gran salto al fútbol europeo cuando el Tottenham de la Premier League adquirió su ficha, y desde entonces, fue seguido muy de cerca por el cuerpo técnico argentino, si bien no tuvo lugar durante la eraSampaoli.
Ya con Lionel Scaloni en el banco, se ganó su lugar en la lista de convocados, siendo llamado por primera vez para un amistoso contra Irak. Sin embargo, su debut fue en noviembre de 2018 por un amistoso ante México. Además, sumó minutos en los partidos contra Venezuela y Nicaragua. Su rodaje en la Selección, y su presente en el Tottenham de Pochettino, donde llegó por primera vez en la historia del equipo a la final de la Champions League a mediados de 2019.
Un mes más tarde, se metió en la convocatoria de la Copa América, donde disputó 4 partidos; ante Qatar, Venezuela, Brasil y Chile, logrando el tercer puesto en la competencia y perfilándose como una de las jóvenes promesas de la albiceleste con 21 años. Sin embargo, las constantes lesiones comenzaron a ser un obstáculo en su carrera y en sus covocatorias, al mismo tiempo que la destitución de Pochpor José Mourinho en su club, que prácticamente no lo tenía en cuenta le hizo perder terreno con la mayor.
En 2020 partió al Villarreal de España, donde tuvo más lugar, y volvió a ser considerado por el leónidas de Pujato en la albiceleste en plena etapa de Eliminatorias rumbo a Qatar 2022. No obstante, tuvo dos errores clave, siendo uno la falta sobre Meneses en el duelo ante Chile y la pérdida de la pelota que derivó en el gol de Borja y posterior empate 2-2 contra Colombia que lo marginaron de la convocatoria para la Copa América de 2021 que culminó en la épica de la Scaloneta en el Maracaná contra Brasil, el conjunto local. En su lugar, se metieron Nahuel Molina y Gonzalo Montiel.
Sin embargo, en el Villarreal tuvo un excelente rodaje, saliendo campeón de la Europa League en 2021, por lo que después de varias convocatorias afuera, regresó para la última doble fecha por eliminatorias contra Venezuela y Ecuador, ingresando por Montiel 12 minutos antes del pitazo final. Logrando llegar a la semifinal de la Champions League con su club en 2022, fue convocado para la Finalissima y el histórico amistoso contra Estonia, ingresando por Alexis Mac Allister en el segundo tiempo.
Tras un periodo de casi dos meses sin actividad por lesión, casi en contra de todo pronóstico, llamó la atención y generó opiniones de las más diversas al meterse en el 26 de Scaloni para la Copa del Mundo de Qatar tras la baja de su compañero del submarino amarillo, Giovanni Lo Celso. Tuvo un único ingreso por los 4 minutos finales de la semifinal contra Croacia al ingresar por Nahuel Molina, pero al regresar al Villarreal se convirtió en el primer campeó del mundo en convertir un gol, que fue e la victoria sobre el Valencia 2-1 por la fecha 15 de LaLiga.