En algún momento llegó a colarse entre los protagonistas del torneo y se perfilaba a ser de los más regulares en la Liga MX, sin embargo, su destino se vio alterado por completo debido a la decisión de escritorio con el cambio de plaza, o mejor dicho con la venta de la franquicia. Después de ello ha peregrinado para intentar mantenerse en el mapa visual de una liga donde no ha trascendido.
Salvación y subcampeonato (2006)
Bajo el mando de uno de los directores técnicos más defensivos del futbol mexicano, Raúl Arias, el equipo logró cumplir con el objetivo de salvarse. Por si fuera poco, se coló a la liguilla para llegar hasta la final contra Pachuca, considerada como la peor de la historia en nuestra liga por las escasas llegadas a gol en 180 minutos. Un penalti de Richard Núñez le dio el título a los Tuzos.
El periodo sudamericano (2008-2011)
La internacionalización del equipo fue posible a su participación en Copa Sudamericana, torneo en que clasificó a Cuartos de final y cayó eliminado por Argentinos Juniors. Después de esa experiencia, se clasificó a la Copa Libertadores por tres años consecutivos; la edición de 2009 fue histórica para el club porque avanzó a Octavos de final, ronda en que fue descalificado por Conmebol tras desertar debido al brote de gripe A (H1N1).
La metamorfosis (2013)
Apareció en todo su esplendor uno de los males que aquejan al futbol mexicano: las mudanzas por cuestión de franquicias. Bajo el argumento de que el equipo registraba pobres entradas y entregaba malos resultados, se decidió venderlo para que dejara de ser San Luis y se convirtiera en Chiapas FC.
De tiburón a Atlético San Luis (2013)
Pero así como se fue, volvió. Eso sí, con una enorme diferencia. Chiapas FC iba a mantenerse como equipo de primera división y lo único al alcance para San Luis de futbol profesional era la Liga de Ascenso, así que para ocupar esa plaza se trasladó la franquicia del Veracruz a tierras potosinas.
Club Atlético Madrid del Potosí (2017)
Extrañando las viejas glorias en primera división, además de soportar la frustración por no ascender, el club se llevó la buena noticia de que Atlético de Madrid quería invertir en el futbol mexicano, decantándose por el equipo potosino para hacerlo su filial. Con ese respaldo, se pronosticó un inmediato ascenso.
Ascenso colchonero potosino (2019)
Surtió efecto el respaldo del Atlético de Madrid porque Atlético San Luis consiguió el bicampeonato que le dio el cupo directo a primera división, circuito en el que ha permanecido desde entonces. Ha tenido más impacto por la violencia afuera de su estadio que por su rendimiento en la liga.
