A mediados de 2012, debutó en la Primera de Estudiantes de La Plata un lateral por izquierda que iba a dar que hablar: Jonathan Silva. Luego de dos años en un muy buen nivel en el Pincha, dio el salto al fútbol europeo para jugar en Sporting Lisboa de Portugal e inclusive en ese mismo 2014 fue convocado a la Selección Argentina. Silva fue prestado en reiteradas oportunidades, inclusive pasó en esa condición por clubes de la talla de Boca y la Roma, pero finalmente encontró su lugar en el mundo en España, donde permaneció por seis años hasta su salida en el último mercado de pases. Actualmente se encuentra en el Pafos FC de la Primera División del fútbol de Chipre.
Sus comienzos y la Selección
Silva hizo su estreno en Primera División en Estudiantes en el año 2012 y en su paso por el Pincha se destacó a tal punto que a mediados de 2014 lo compró Sporting Lisboa como una apuesta. Justamente en la segunda mitad de 2014 fue cuando tuvo su oportunidad de jugar en la Selección Argentina, fueron dos amistosos en el mes de noviembre en los que jugó un puñado de minutos ante Croacia y Portugal. En sus inicios en el fútbol portugués jugó algunos partidos en el equipo B y luego pasó a ser considerado al principal, pero jamás logró establecerse y por eso fue cedido a préstamo en el año 2016, cuando pasó a Boca.
El paso de Jonathan Silva por Boca
A comienzos de 2016, Boca decidió apostar por Jonathan Silva para reemplazar a Monzón. En un comienzo se afianzó como titular, pero con el correr de los partidos fue perdiendo terreno y la llegada de Frank Fabra lo hizo quedar en un segundo plano. Igualmente, formó parte del plantel que ganó el Campeonato de Primera División de 2017. Tras disputar 36 partidos y marcar dos goles con la camiseta del Xeneize, Silva regresó a Sporting Lisboa en el año 2018.
La Roma y el fútbol español
Luego de un breve paso por Sporting Lisboa en el que apenas jugó seis partidos, en el año 2018 pasó a préstamo a la Roma, pero allí tampoco pudo establecerse y solamente fueron dos partidos lo que disputó en el conjunto de la capital italiana. Su carrera cambió cuando llegó a Leganés y allí sí pudo afianzarse. Luego de cuatro años en el Pepinero, Silva vistió las camisetas de Getafe, Granada y Albacete hasta que a mediados de 2024 pasó al Pafos FC de Chipre.