El jugador nacido en la ciudad de Medellín, llegó al conjunto Embajador a inicios del año 2012. Muy buenas actuaciones en el Boyacá Chicó hicieron que la directiva del conjunto Embajador pusiera su mira en el volante.
Tras su llegada, sus mejores actuaciones del volante se vieron durante el segundo semestre 2012 bajo la dirección técnica de Hernán Torres. Ramírez fue una pieza clave para ese Millonarios campeón, pues lograba ofrecerle varias alternativas en su juego. Tomo el liderazgo del medio campo e incluso juego como defensa central cuando el equipo lo requirió.
El 16 de diciembre de 2012 se consagraría campeón con Millonarios frente a Independiente Medellín. En aquella final pudo disputar los primeros 90 minutos de juego, ya en el partido de vuelta jugado en el estadio El Campín, salió al minuto 50 por Juan Esteban Ortiz.
Su salida de Millonarios se daría en el año 2014, cuando decidió continuar su carrera en el Junior de Barranquilla, equipo donde tuvo un recordado incidente con el capitán Sebastián Viera. En el 2017 llegaría a Cúcuta Deportivo donde no tuvo un paso determinante para el equipo Motilón.
Para el año 2018 se vistió con la camiseta de Cortulua, equipo donde consiguió marcar su primer triplete de su carrera profesional. Un año después jugaría en la B pero con el recién descendido Itagüí Leones. Tras su paso por el equipo antioqueño, el 8 de abril de 2020 decidió retirarse como futbolista profesional. A sus 36 años se convirtió en un ex futbolista recordado por su título con Millonarios.
Tras su retiro como profesional, Jhonny Ramírez decidió poner un negocio de arepas de choclo en Envigado. Actualmente es el administrador del negocio La Famosa, el negocio de arepas más reconocido de la región.
