Desde su juventud, Axel Werner fue uno de los arqueros más prometedores del fútbol argentino. En Atlético Rafaela hizo su debut en Primera División, y a lo largo de las divisiones inferiores fue parte de la Selección Argentina, con la que ganó el Sudamericano Sub 17.
Debido a la proyección que tuvo, rápidamente llamó la atención del Atlético de Madrid, equipo que a sus 20 años lo fichó para tenerlo como un reemplazo a futuro de Jan Oblak. En el medio, tuvo distintas sesiones para sumar minutos, y una de ellas fue a Boca en 2016.
A pesar de que prometió mucho, Werner no logró asentarse en ningún equipo como titular y merodeó por distintos clubes, hasta que llegó a Rosario Central, donde es habitual suplente de Fatura Broun. Con 29 años, el arquero lleva tan solo disputados 95 partidos como profesional, con un saldo de 162 goles en contra y 16 vallas invictas.
Sus inicios y la llegada a Atlético de Madrid
Luego de un debut prometedor en Atlético de Rafaela, donde disputó 14 partidos, Werner fue fichado por el Atlético de Madrid, club que pagó casi un millón de dólares por su ficha. En el Colchonero, recién pudo hacer su debut en 2018, año en el que jugó la UEFA Europa League y se consagró campeón de ese certamen.
En medio de esas dos temporadas, fue cedido a Boca, para luego regresar al club para ser tercer arquero, y ante la salida de Moya, se convirtió en la primera variante para Jan Oblak. En total, disputó tres encuentros con la camiseta del Colchonero, en los que recibió un solo gol y mantuvo dos vallas invictas.

Axel Werner, campeón de la Europa League 2017/18. (Foto: @axelwernerr).
Previo a su llegada al elenco español, en Atlético de Rafaela se destacó tanto en Primera División como también en las inferiores. Como consecuencia de esto, fue citado para los selectivos juveniles y fue campeón del Sudamericano Sub 17 en 2013, donde fue suplente de Augusto Batalla.
El paso a préstamo por Boca
Para la temporada 2016/17, días después de su llegada al Atlético de Madrid, fue cedido a préstamo a Boca por un año. Allí tuvo poca participación, debido a que tan solo disputó dos encuentros oficiales. Su debut fue en el Monumental contra River, en la victoria 4 a 2 en el Superclásico.
Durante su estadía en el elenco de la Ribera, logró consagrarse campeón bajo el mandato de Guillermo Barros Schelotto, ya que formó parte del plantel que se quedó con la Liga Argentina 2016/17 tras sacarle siete puntos de diferencia al Millonario, su escolta.

Axel Werner celebra el título con Boca en 2017. (Foto: @Axelwernerr).
Las cesiones a préstamo para sumar continuidad
Tras ganar la Europa League 2017/18, debido a que no iba a tener mayor protagonismo en Atlético de Madrid, Werner se marchó a préstamo a distintos equipos. Primero, pasó por Recreativo Huesca, donde disputó seis encuentros; luego, Málaga fue su segundo destino, aunque no llegó a debutar.
Desde allí, pasó dos temporadas por Atlético San Luis de México, club perteneciente al mismo grupo que el Atlético de Madrid. En su primer año tuvo poca participación al jugar un solo partido, mientras que en el segundo logró regularidad al sumar 25 encuentros, todos como titular.
Una vez terminado este préstamo, regresó a España para jugar en Elche, donde estuvo dos años en Primera División, pero solamente jugó dos encuentros. En el medio, pasó por Arsenal de Sarandí durante el segundo semestre de 2022 y tuvo participación en 10 partidos.
El presente en Rosario Central
Desde 2023 Werner se asentó en Rosario Central como habitual suplente de Fatura Broun. En las dos temporadas que lleva en la institución, tuvo seis partidos en el primer equipo, mientras que jugó otros dos en la Reserva para tener minutos y rodaje en cancha.
Con el Canalla, fue parte del plantel campeón de la Copa de la Liga Profesional en 2023 con Miguel Ángel Russo como entrenador, y debido a sus aportes en cada encuentro que tuvo, el club le compró el pase, por lo que firmó contrato a largo plazo, con vencimiento el 30 de junio de 2026.

Axel Werner, campeón de la Copa de la Liga Profesional. (Foto: @Axelwernerr).

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