Aficionados de Necaxa y Monterrey lo recuerdan bien, sobre todo los regios porque con ellos marcó un periodo glorioso para las vitrinas del club rayado; tres ligas y dos Concacaf Liga Campeones fueron algunos de los trofeos que levantó como capitán.
También es recordado como seleccionado nacional, aunque no con tanta fortuna. Integró el plantel olímpico de Atenas 2004 que quedó eliminado en fase de grupos por Mali y Corea del Sur. Dos años después, en la Copa del Mundo de Alemania, se fue expulsado en el partido que México perdió 1-2 contra Portugal.
En términos generales tuvo una carrera prolífica, a la que decidió ponerle fin en 2016 con Rayados como su último equipo profesional. Vistió además las camisetas de Chivas, Querétaro y Chiapas, donde pasó sin pena ni gloria.
Una vez retirado de las canchas, Pérez partió a Europa para prepararse como director técnico. Hizo sus estudios de UEFA Pro en España, país donde pudo dirigir al Toledo de la tercera división tras haber concluido su curso de entrenador de la Real Federación Española.
En agosto de 2020, Gerardo Torrado, director general deportivo de la Federación Mexicana de Futbol, lo anunció como nuevo responsable del banquillo Sub 17, cargo que dejó vacante Marco Antonio Ruiz para incorporarse a Tigres como auxiliar de Ricardo Ferretti.
